La Hermandad Ferroviaria, se crea al amparo de la Federación Nacional de Hermandades Católicas Ferroviarias de la Sagrada Familia, adoptando como Titular a la Santísima Virgen María, en su advocación de Nuestra Señora de Alarcos, y como co-Patrono, al Glorioso Arcángel S. Rafael, protector especial de los caminantes. Se funda el 10 de Julio de 1.944, siendo aprobados sus Estatutos por D. Emeterio Echevarría y Barrena, VIII Obispo-Prior, y se establece, como domicilio, la Capilla que los empleados de Renfe poseían en el Parque de Gasset de Ciudad Real.

Acta de la primera Junta Directiva            En el año 1.945, la Hermandad Ferroviaria de Acción Católica, decide crear en su seno una Cofradía de Semana Santa, acordándose que para pertenecer a la Cofradía sea obligatorio pertenecer a la Hermandad, aunque esto no implique que todos los que pertenezcan a la Hermandad deban serlo de la Cofradía, y encargándose el Sr. Consiliario de la Hermandad, D. Tomás Malagón, de realizar las gestiones oportunas para que la sede canónica de la Cofradía pase a ser la Parroquia de San Pedro e integrarla en la Procesión Pasionaria de dicha Parroquia.


            En la asamblea celebrada el 22 de abril de 1.945, se acuerda elegir el paso de "El Encuentro de Jesús con su Santísima Madre en la calle de la Amargura" y, por recomendación del entonces párroco de San Pedro, D. Emiliano Morales, se escoge para su realización a los imagineros valencianos D. José María Rausell Montañana y D. Francisco Lloréns Ferrer.


            El día 4 de marzo de 1.946 se constituye la primera Junta Directiva de la Cofradía, con lo que realmente comienza el camino de lo que hoy conocemos como "Cofradía de El Encuentro. Hermandad Ferroviaria de San Rafael Arcángel y Nuestra Señora de Alarcos".


            Ese año (1.946), se procesiona por primera vez, el Viernes Santo, 19 de abril, junto a la Hermandad de la Oración en el Huerto y la del Cristo del Perdón y de las Aguas, con traje de calle y algunas túnicas antiguas de la Hermandad de la Coronación. El paso fue llevado a hombros.


            El año 1.947 salieron algunas túnicas nuevas (iguales a las antiguas de la Coronación, pero con tela de peor calidad), y hermanos con traje de calle. Ese año, el paso ya fue llevado a ruedas.


            En el año 1.995 se fusionaron la Hermandad y la Cofradía, aprobándose los actuales Estatutos, por el Obispo Prior D. Rafael Torija de la Fuente, procurando mantener la esencia y tradiciones de las dos ramas, como es la tradicional Romería en el cerro de Alarcos, el domingo de la Santísima Trinidad.